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PHASE Install

 

PHASEのインストール
Linux環境
PHASE Viewer (ZIP版)のインストール
Linux環境 (CentOS 6.8 x64)
Linux環境 (CentOS 7.2.1511 x64)
Mac OS X環境 (OS X El Capitan 10.11)

 

PHASEのインストール

PHASE 推奨動作環境

OSCompilerMPILAPACK / ScaLAPACKFFT
Linux 64bit

Intel Composer XE 2015, 2013SP1, 2013, 2011SP1

GNU Compiler Collection (GCC) (gfortran / gcc) 4.4-

Intel MPI 5.0, 4.1.3

OpenMPI 1.10, 1.8.8, 1.6.5

MPICH 3

Intel MKL

LAPACK 3.6.1, 3.5.0, 3.4.2 / ScaLAPACK 2.0.2

Intel MKL

FFTW 3.3

Windows Intel Composer XE 2015, 2013SP1 Phase ViewerはJava (JRE), Java3D, Ghostscriptが必要

 

Linux環境

PHASE 2D並列版

src_phaseで
% sh configure
% make
% make install
を実行

PHASE 3D並列版

src_phase_3dで
% sh configure
% make
% make install

 

Linux環境 (CentOS 6.8 x64)

 CentOS 6 のパッケージで、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。

1. 必要なパッケージのインストール

パッケージマネージャを起動します。

メニューバーのシステム→管理→アプリケーションの追加/削除
または
% gpk-application

 以下のパッケージをインストールします。

パッケージ
GNU Compiler

gcc-4.4.7-17.el6.x86_64, gcc-gfortran-4.4.7-17.el6.x86_64

LAPACK

BLAS

lapack-3.2.1-4.el6.x86_64,  lapack-devel-3.2.1-4.el6.x86_64

blas-3.2.1-4.el6.x86_64, blas-devel-3.2.1-4.el6.x86_64

FFTW fftw-3.2.1-3.1.el6.x86_64,  fftw-devel-3.2.1-3.1.el6.x86_64
MPI (OpenMPI) openmpi-1.8-1.8.1-5.el6.x86_64,  openmpi-1.8-devel-1.8.1-5.el6.x86_64

2. Makefileの編集

phase0_2015.01/src_phase で、

%sh configure

を実行し、Makefileを作成します。

GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。

Makefileを編集します。

....

INCLUDE=-I/usr/include

.....

LIBS = -L./ ${LESM}  -L/usr/lib64 -llapack -lblas -lfftw3

.....

LAPACK =
.....

3. 環境変数の設定

PATH に /usr/lib64/openmpi/bin を追加。
LD_LIBRARY_PATH に /usr/lib64:/usr/lib64/openmpi/lib を追加。

4. PHASEのコンパイル

phase0_2015.01/src_phase で、

% make
% make install

5. PHASEの実行

入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行

% mpirun -np [Num of Proc] [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase

% mpirun -np 4 /home/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase

 

Linux環境 (CentOS 7.2.1511 x64)

 CentOS 7 のパッケージで、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。

1. 必要なパッケージのインストール

 以下のパッケージをインストールします。

パッケージ
GNU Compiler

gcc-4.8.5-4.el7.x86_64, gcc-gfortran-4.8.5-4.el7.x86_64

LAPACK

BLAS

lapack-3.4.2-5.el7.x86_64,  lapack-devel-3.4.2-5.el7.x86_64

blas-3.4.2-5.el7.x86_64, blas-devel-3.4.2-5.el7.x86_64

FFTW fftw-3.3.3-8.el7.x86_64,  fftw-devel-3.3.3-8.el7.x86_64
MPI (OpenMPI) openmpi-1.10.0-10.el7.x86_64,  openmpi-devel-1.10.0-10.el7.x86_64

% yum install gcc gcc-gfortran
% yum install lapack lapack-devel
% yum install fftw fftw-devel
% yum install openmpi openmpi-devel

2. Makefileの編集

phase0_2015.01/src_phase で、

%sh configure

を実行し、Makefileを作成します。

GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。

Makefileを編集します。

....

INCLUDE=-I/usr/include

.....

LIBS = -L./ ${LESM}  -L/usr/lib64 -llapack -lblas -lfftw3

.....

LAPACK =
.....

3. 環境変数の設定

PATH に /usr/lib64/openmpi/bin を追加。
LD_LIBRARY_PATH に /usr/lib64:/usr/lib64/openmpi/lib を追加。

4. PHASEのコンパイル

phase0_2015.01/src_phase で、

% make
% make install

5. PHASEの実行

入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行

% mpirun -np [Num of Proc] [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase

% mpirun -np 4 /home/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase

 

Mac OS X環境 (OS X El Capitan 10.11)

OS X XcodeとXcode Command Line Tools、MacPorts Projectのパッケージを用いて、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。

1. 必要なパッケージのインストール

(1) XCode Command Line Tools

App StoreよりXcodeをインストールします。
Xcode Command Line Toolsは
% xcode-select --install
と実行するとダイアログが表示されるので、"インストール"をクリックする。

 

(2) MacPorts

MacPorts から、OSに対応したインストーラーをダウンロードし、インストールします。

 

(3) パッケージのインストール

パッケージ
GNU Compiler gcc5
LAPACK, BLAS lapack
FFTW

fftw-3

portでのインストールにおいて、オプション +gfortran が必要

MPI (OpenMPI) openmpi
/opt/local/bin/port を用いて、パッケージをインストールします。
% sudo port install gcc5
% sudo port install lapack
% sudo port install fftw-3 +gfortran
% sudo port install openmpi

 

2. Makefileの編集

phase0_2015.01/src_phase で、

%sh configure

を実行し、Makefileを作成します。

GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。

Makefileを編集します。

....

F90 = mpif90-openmpi-mp -m64
CC  = gcc-mp-5 -m64

....

LINK = mpif90-openmpi-mp -m64

.....

CFLAGS = -DDARWIN -DINTEL

.....

INCLUDE=-I/opt/local/include

.....

LIBS = -L./ ${LESM}  -L/opt/local/lib/lapack -llapack -lblas -L/opt/local/lib -lfftw3

.....

LAPACK =
.....

3. PHASEのコンパイル

phase0_2015.01/src_phase で、

% make
% make install

4. PHASEの実行

入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行

% mpirun-openmpi-mp -np [Num of Proc]  [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase

%mpirun-openmpi-mp -np 4  /Users/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase