PHASE Install
PHASEのインストール (GitHubサイト) こちら
PHASEのインストール
Linux環境
PHASE Viewer (ZIP版)のインストール
Linux環境 (CentOS 6.8 x64)
Linux環境 (CentOS 7.2.1511 x64)
Mac OS X環境 (OS X El Capitan 10.11)
PHASEのインストール
PHASE 推奨動作環境
| OS | Compiler | MPI | LAPACK / ScaLAPACK | FFT | |
|---|---|---|---|---|---|
| Linux 64bit |
Intel Composer XE 2015, 2013SP1, 2013, 2011SP1 GNU Compiler Collection (GCC) (gfortran / gcc) 4.4- |
Intel MPI 5.0, 4.1.3 OpenMPI 1.10, 1.8.8, 1.6.5 MPICH 3 |
Intel MKL LAPACK 3.6.1, 3.5.0, 3.4.2 / ScaLAPACK 2.0.2 |
Intel MKL FFTW 3.3 |
|
| Windows | Intel Composer XE 2015, 2013SP1 | Phase ViewerはJava (JRE), Java3D, Ghostscriptが必要 |
PHASE 2D並列版
src_phaseで
% sh configure
% make
% make install
を実行
PHASE 3D並列版
src_phase_3dで
% sh configure
% make
% make install
CentOS 6 のパッケージで、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。
1. 必要なパッケージのインストール
パッケージマネージャを起動します。
メニューバーのシステム→管理→アプリケーションの追加/削除
または
% gpk-application
以下のパッケージをインストールします。
| パッケージ | |
| GNU Compiler |
gcc-4.4.7-17.el6.x86_64, gcc-gfortran-4.4.7-17.el6.x86_64 |
|
LAPACK BLAS |
lapack-3.2.1-4.el6.x86_64, lapack-devel-3.2.1-4.el6.x86_64 blas-3.2.1-4.el6.x86_64, blas-devel-3.2.1-4.el6.x86_64 |
| FFTW | fftw-3.2.1-3.1.el6.x86_64, fftw-devel-3.2.1-3.1.el6.x86_64 |
| MPI (OpenMPI) | openmpi-1.8-1.8.1-5.el6.x86_64, openmpi-1.8-devel-1.8.1-5.el6.x86_64 |
2. Makefileの編集
phase0_2015.01/src_phase で、
%sh configure
を実行し、Makefileを作成します。
GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。
Makefileを編集します。
|
.... INCLUDE=-I/usr/include ..... LIBS = -L./ ${LESM} -L/usr/lib64 -llapack -lblas -lfftw3 ..... LAPACK = |
3. 環境変数の設定
PATH に /usr/lib64/openmpi/bin を追加。
LD_LIBRARY_PATH に /usr/lib64:/usr/lib64/openmpi/lib を追加。
4. PHASEのコンパイル
phase0_2015.01/src_phase で、
% make
% make install
5. PHASEの実行
入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行
% mpirun -np [Num of Proc] [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase
例
% mpirun -np 4 /home/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase
CentOS 7 のパッケージで、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。
1. 必要なパッケージのインストール
以下のパッケージをインストールします。
| パッケージ | |
| GNU Compiler |
gcc-4.8.5-4.el7.x86_64, gcc-gfortran-4.8.5-4.el7.x86_64 |
|
LAPACK BLAS |
lapack-3.4.2-5.el7.x86_64, lapack-devel-3.4.2-5.el7.x86_64 blas-3.4.2-5.el7.x86_64, blas-devel-3.4.2-5.el7.x86_64 |
| FFTW | fftw-3.3.3-8.el7.x86_64, fftw-devel-3.3.3-8.el7.x86_64 |
| MPI (OpenMPI) | openmpi-1.10.0-10.el7.x86_64, openmpi-devel-1.10.0-10.el7.x86_64 |
% yum install gcc gcc-gfortran
% yum install lapack lapack-devel
% yum install fftw fftw-devel
% yum install openmpi openmpi-devel
2. Makefileの編集
phase0_2015.01/src_phase で、
%sh configure
を実行し、Makefileを作成します。
GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。
Makefileを編集します。
|
.... INCLUDE=-I/usr/include ..... LIBS = -L./ ${LESM} -L/usr/lib64 -llapack -lblas -lfftw3 ..... LAPACK = |
3. 環境変数の設定
PATH に /usr/lib64/openmpi/bin を追加。
LD_LIBRARY_PATH に /usr/lib64:/usr/lib64/openmpi/lib を追加。
4. PHASEのコンパイル
phase0_2015.01/src_phase で、
% make
% make install
5. PHASEの実行
入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行
% mpirun -np [Num of Proc] [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase
例
% mpirun -np 4 /home/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase
Mac OS X環境 (OS X El Capitan 10.11)
OS X XcodeとXcode Command Line Tools、MacPorts Projectのパッケージを用いて、PHASEのコンパイル・動作環境を構築します。
1. 必要なパッケージのインストール
(1) XCode Command Line Tools
App StoreよりXcodeをインストールします。Xcode Command Line Toolsは
% xcode-select --install
と実行するとダイアログが表示されるので、"インストール"をクリックする。
(2) MacPorts
MacPorts から、OSに対応したインストーラーをダウンロードし、インストールします。
(3) パッケージのインストール
パッケージ GNU Compiler gcc5 LAPACK, BLAS lapack FFTW fftw-3
portでのインストールにおいて、オプション +gfortran が必要
MPI (OpenMPI) openmpi /opt/local/bin/port を用いて、パッケージをインストールします。% sudo port install gcc5% sudo port install lapack% sudo port install fftw-3 +gfortran% sudo port install openmpi
2. Makefileの編集
phase0_2015.01/src_phase で、
%sh configure
を実行し、Makefileを作成します。
GNU Linux (EM64T/AMD64), GNU compiler collection (gfortran), MPI parallel, Netlib BLAS/LAPACK, FFTW3 library を選択します。
Makefileを編集します。
....
F90 = mpif90-openmpi-mp -m64
CC = gcc-mp-5 -m64....
LINK = mpif90-openmpi-mp -m64
.....
CFLAGS = -DDARWIN -DINTEL
.....
INCLUDE=-I/opt/local/include
.....
LIBS = -L./ ${LESM} -L/opt/local/lib/lapack -llapack -lblas -L/opt/local/lib -lfftw3
.....
LAPACK =
.....3. PHASEのコンパイル
phase0_2015.01/src_phase で、
% make
% make install4. PHASEの実行
入力データのあるディレクトリで、PHASEを実行
% mpirun-openmpi-mp -np [Num of Proc] [PHASEのインストールディレクトリ]/bin/phase
例
%mpirun-openmpi-mp -np 4 /Users/****/phase/phase0_2015.01/bin/phase