スラブモデルでの分子の吸着

スラブモデルで表面状態の計算をしたいのですが、吸着させる小分子の位置座標はどのように決めているのでしょうか

水素終端の場合もどのように決めているのでしょうか

第一原理分子動力学を用いるのでしょうか、それとも何か良いツールがあるのでしょうか

水素終端の場合、端数の電荷をもった　Pseudopotential が必要と思いますが、これはCIAO で作らなければいけないのでしょうか

初歩的な質問で申訳けありませんが、ご指導いただければ幸いです。

Kurita