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Posted by M. Murase at September 05. 2017

Re: bandokeisan

Posted by M. Murase at September 05. 2017

お世話になっております。

phase/0を使って第一原理計算を勉強してる者です。

 

6月に開催された講習会で使用したバージョンのphase/0を使用しています。

自分で作製したcifファイルを使ってekcalで電子構造を計算しているのですが、

結果が出たあと、対称性を考慮した際にどれくらい時間が変わるのかと思いもう一度やり直すと

ekcalが最初の段階でエラーを題すようになりました。

(total energy correction from ps で10秒程止まりそのあとエラーが出ます)

以降他のcifファイルでの計算も同様に止まるようになりました。(SCFはできます)

 

何か原因が分かるようであればお願いします。

Re: bandokeisan

Posted by 宇佐見護 at November 02. 2017

アスムスの宇佐見です。お世話になっております。

講習会にはスタッフとして参加しておりました。

 

計算が動かない(異常終了してしまう)原因はいろいろと考えられます。

その可能性を全て挙げるのは現実的でありませんので、具体的に入力ファイルとエラーメッセージを示していただけると、

何かお答えできるかもしれません。

Re: bandokeisan

Posted by M. Murase at November 14. 2017

ご返事いただきありがとうございます。

入力ファイル

structure{
atom_list{
atoms{
#tag element rx ry rz
Te 0.0 0.0 0.2096999999987293
Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.5430333333367665
Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.8763666666748037
Te 0.0 0.0 -0.2096999999987293
Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.12363333333930786
Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.4569666666597058
Bi 0.0 0.0 0.4004599999965909
Bi 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.7337933333346279
Bi 0.3333333333475436 0.6666666666950872 1.067126666672665
Bi 0.0 0.0 -0.4004599999965909
Bi 0.6666666666136333 0.3333333332764924 -0.06712666665855371
Bi 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.2662066666618442
Te 0.0 0.0 0.0
Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.33333333333803716
Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.666666666658435
}
}
element_list{
#tag element atomicnumber mass zeta deviation
Bi 83 380945.633 0.0 1.83
Te 52 232599.147 0.0 1.83
}
unit_cell_type = primitive
unit_cell{
a_vector = 8.1258255744 0.0 0.0
b_vector = -4.0629127872 7.0371713742 0.0
c_vector = 0.0 0.0 56.69180633319999
}
}
accuracy{
ksampling{
method = file
}
num_bands = 51
cutoff_wf = 12.5 Hartree
cutoff_cd = 112.5
scf_convergence{
delta_total_energy = 1.0E-9 Hartree
}
force_convergence{
max_force = 5.0E-4 Hartree/Bohr
}
initial_wavefunctions = matrix_diagon
ek_convergence{
sw_eval_eig_diff = on
delta_eigenvalue = 1.e-5
succession = 2
num_extra_bands = 2
num_max_iteration = 50000
}
}
postprocessing{
ldos{
layerdos{
normal_axis = 3
}
}
charge{
partial_charge{
Erange_min = -0.5 eV
Erange_max = 0.5 eV
}
}
}
control{
cpumax = 1 day
max_iteration = 10000
condition = Initial
}
printoutlevel{
base = 1
parallel_debug = 0
}
wavefunction_solver{
solvers{
#tag sol till_n prec cmix submat
mddavidson 2 on 1 on
rmm3 -1 on 1 on
}
rmm{
edelta_change_to_rmm = 1e-3
}
}
charge_mixing{
mixing_methods{
#tag no method rmxs rmxe istr nbmix update
1 pulay 0.40 0.40 3 15 RENEW
}
}

 

エラーメッセージ

ERROR - forrtl: severe (41): insufficient virtual memory
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - Image PC Routine Line Source
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 0107087B Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 005119A0 _M_ES_WF_BY_SDORC 274 m_ES_WF_by_SDorCG.F90
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 00F1676F _INITIAL_ELECTRON 392 Initial_Electronic_Structure.F90
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 00E76EC3 _MAIN__ 52 ekmain.F90
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 01111312 Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ekcal.exe 01112ED4 Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - KERNEL32.DLL 75788744 Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ntdll.dll 7784582D Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
ERROR - ntdll.dll 778457FD Unknown Unknown Unknown
ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log

となっております。

 

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Re: bandokeisan

Posted by 宇佐見護 at November 15. 2017

同じ現象は再現できておりませんが、気になった点をコメントします。

バンド構造図をekcalで計算なさっているように見受けられますが、その際の指定は

condition = Initial 

ではなく、

condition = fixed_charge

とします。まずはこの点を確認してください。

ekcalでの状態密度計算は試みましたか。まだでしたら、バンド構造図作成よりも簡単ですので、先に試すことをお勧めします。

 

Re: bandokeisan

Posted by Jun Nara at November 15. 2017

物材機構の奈良です。

 

念のため、SCF計算を実行したときのnfinp.dataと以下の行について比較していただけないでしょうか?

initial_wavefunctions = matrix_diagon

この行がSCF計算のときには他の設定(atomic_orbitals/random_numbers)になっていないでしょうか?

初期波動関数を対角化(matrix_diagon)で与える場合、iterationが減るメリットがありますが、メモリ量が必要となり落ちてしまう可能性があります(計算時間もかかります)。

よろしくお願いいたします。

 

 

 

 

 

Re: bandokeisan

Posted by M. Murase at November 16. 2017

condition =  fixed_chargeに設定したところ計算が可能になりました。

ありがとうございます。

また、SCF計算時のnfinp.dataを確認しましたが、initial_wavefunctionsの項目は設定しない(--------の状態になっています)で計算していました。

設定していない場合、どの手法が採用されているのでしょうか。

 

 

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Re: bandokeisan

Posted by Jun Nara at November 16. 2017

initial_wavefunctions を設定していない場合、random_numbers になります。

 

添付のnfinp.dataをSCF計算用に書き換えて計算を行ったところ、初期波動関数の計算に非常に時間がかかってしまったため、

initial_wavefunctions = matrix_diagon の設定を変更した方がいいのではないかと考えたのですが、

このあたりに詳しい開発者に聞いたところ、ekcalでは、この設定は読み込まれずに、random_numbers 

の設定で動くようになっているとのことです。

 

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