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PHASE/0 利用講習会 2024/02/13 開催
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2024/01/29 14:13:55 GMT+9
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PHASE/0 利用講習会 2024/02/13 開催
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2024/01/29 14:08:22 GMT+9
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PHASE System 2023 リリース (PHASE/0 2023.01.01)
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NIMS ナノシミュレーション ワークショップ 2023 開催
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NIMS ナノシミュレーション ワークショップ 2023 を開催します。
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NIMS ナノシミュレーション ワークショップ 2023 開催
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/983233902
お世話になっております。
phase/0を使って第一原理計算を勉強してる者です。
6月に開催された講習会で使用したバージョンのphase/0を使用しています。
自分で作製したcifファイルを使ってekcalで電子構造を計算しているのですが、
結果が出たあと、対称性を考慮した際にどれくらい時間が変わるのかと思いもう一度やり直すと
ekcalが最初の段階でエラーを題すようになりました。
(total energy correction from ps で10秒程止まりそのあとエラーが出ます)
以降他のcifファイルでの計算も同様に止まるようになりました。(SCFはできます)
何か原因が分かるようであればお願いします。
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/420617789
initial_wavefunctions を設定していない場合、 random_numbers になります。
添付のnfinp.dataをSCF計算用に書き換えて計算を行ったところ、 初期波動関数の計算に非常に時間がかかってしまったため、
initial_wavefunctions = matrix_diagon の設定を変更した方がいいのではないかと考えたのですが、
このあたりに詳しい開発者に聞いたところ、ekcalでは、この設定は読み込まれずに、 random_numbers
の設定で動くようになっているとのことです。
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/420617788
condition = fixed_chargeに設定したところ計算が可能になりました。
ありがとうございます。
また、SCF計算時のnfinp.dataを確認しましたが、initial_wavefunctionsの項目は設定しない(--------の状態になっています)で計算していました。
設定していない場合、どの手法が採用されているのでしょうか。
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/420617787
物材機構の奈良です。
念のため、SCF計算を実行したときのnfinp.dataと以下の行について比較していただけないでしょうか?
initial_wavefunctions = matrix_diagon
この行がSCF計算のときには他の設定(atomic_orbitals/random_numbers)になっていないでしょうか?
初期波動関数を対角化( matrix_diagon )で与える場合、iterationが減るメリットがありますが、メモリ量が必要となり落ちてしまう可能性があります(計算時間もかかります)。
よろしくお願いいたします。
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/420617786
同じ現象は再現できておりませんが、気になった点をコメントします。
バンド構造図をekcalで計算なさっているように見受けられますが、その際の指定は
condition = Initial
ではなく、
condition = fixed_charge
とします。まずはこの点を確認してください。
ekcalでの状態密度計算は試みましたか。まだでしたら、バンド構造図作成よりも簡単ですので、先に試すことをお勧めします。
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Re: bandokeisan
https://azuma.nims.go.jp/forums/phase-forums/install-compile-usage/489007748/420617785
ご返事いただきありがとうございます。
入力ファイル
structure{ atom_list{ atoms{ #tag element rx ry rz Te 0.0 0.0 0.2096999999987293 Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.5430333333367665 Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.8763666666748037 Te 0.0 0.0 -0.2096999999987293 Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.12363333333930786 Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.4569666666597058 Bi 0.0 0.0 0.4004599999965909 Bi 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.7337933333346279 Bi 0.3333333333475436 0.6666666666950872 1.067126666672665 Bi 0.0 0.0 -0.4004599999965909 Bi 0.6666666666136333 0.3333333332764924 -0.06712666665855371 Bi 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.2662066666618442 Te 0.0 0.0 0.0 Te 0.6666666666136333 0.3333333332764924 0.33333333333803716 Te 0.3333333333475436 0.6666666666950872 0.666666666658435 } } element_list{ #tag element atomicnumber mass zeta deviation Bi 83 380945.633 0.0 1.83 Te 52 232599.147 0.0 1.83 } unit_cell_type = primitive unit_cell{ a_vector = 8.1258255744 0.0 0.0 b_vector = -4.0629127872 7.0371713742 0.0 c_vector = 0.0 0.0 56.69180633319999 } } accuracy{ ksampling{ method = file } num_bands = 51 cutoff_wf = 12.5 Hartree cutoff_cd = 112.5 scf_convergence{ delta_total_energy = 1.0E-9 Hartree } force_convergence{ max_force = 5.0E-4 Hartree/Bohr } initial_wavefunctions = matrix_diagon ek_convergence{ sw_eval_eig_diff = on delta_eigenvalue = 1.e-5 succession = 2 num_extra_bands = 2 num_max_iteration = 50000 } } postprocessing{ ldos{ layerdos{ normal_axis = 3 } } charge{ partial_charge{ Erange_min = -0.5 eV Erange_max = 0.5 eV } } } control{ cpumax = 1 day max_iteration = 10000 condition = Initial } printoutlevel{ base = 1 parallel_debug = 0 } wavefunction_solver{ solvers{ #tag sol till_n prec cmix submat mddavidson 2 on 1 on rmm3 -1 on 1 on } rmm{ edelta_change_to_rmm = 1e-3 } } charge_mixing{ mixing_methods{ #tag no method rmxs rmxe istr nbmix update 1 pulay 0.40 0.40 3 15 RENEW } }
エラーメッセージ
ERROR - forrtl: severe (41): insufficient virtual memory ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - Image PC Routine Line Source ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 0107087B Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 005119A0 _M_ES_WF_BY_SDORC 274 m_ES_WF_by_SDorCG.F90 ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 00F1676F _INITIAL_ELECTRON 392 Initial_Electronic_Structure.F90 ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 00E76EC3 _MAIN__ 52 ekmain.F90 ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 01111312 Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ekcal.exe 01112ED4 Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - KERNEL32.DLL 75788744 Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ntdll.dll 7784582D Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log ERROR - ntdll.dll 778457FD Unknown Unknown Unknown ERROR - "C:\Users\muraae\phase-viewer-projects\BI2Te3\SCF\band\script_exec.bat" > Log
となっております。
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