: ``post processing''ビュー
: 入力ファイル編集
: ``basic settings''ビュー
目次
``atomic configuration''ビュー
図 5.7の``atomic configuration''タブをクリックすると, 原子配置などの編集を行う画面, 図 5.19
が得られます. この画面の詳細を説明します.
図 5.19:
PHASE入力ファイルの, ``structure''ブロック編集画面1.
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- ``length units''リスト: 長さの単位を指定します. 選択肢は, 無指定, Bohr, Angstrom, nmとなっています. 無指定の場合, Bohr単位が採用されます.
- ``cell scheme''リスト:
という表記と,
という表記を切り替えます. 後者の選択肢は, unit_cell_typeがBravaisの場合のみご利用いただけます.
切り替えの際, となりの``automatic conversion''チェックボックスが選択されていればこの二つの表記の間の変換を自動的に行います.
- ``cellvector''領域: ここでセルの情報を入力することが可能です. テーブルの表示方法は``cell scheme''での選択に依存します. 単位は, 長さは``length unit''リストで指定したもの, 角度は度(
)です.
- 原子配置指定領域: この領域で, 原子配置を指定します. 各項目について詳解します.
- ``edit atomic configuration''領域: ここで原子配置の編集を行うことができます. 各GUIの説明は下記の通りです.
- ``select''ボタン: となりのテキストフィールドに入力された数字に対応する原子をテーブル上で選択します.
- ``edit selected atom''ボタン: テーブル上で選択中の原子を編集する画面, 図 5.21を起動します.
- ``add new atom''ボタン: やはり図 5.21を起動しますが, この場合そこで規定した原子が新たに足されます.
- ``remove selected atom''ボタン: テーブル上で選択中の原子を削除します.
これら編集作業は, テーブル上の値に直接施していただいても当然問題ありません.
``atomic configuration''の``symmetry''タブをクリックすることによって結晶の対称性を指定する画面, 図 5.22を
表示することができます.
この画面では次の設定を行うことができます.
- unit cell type
- 結晶の指定の仕方を選択します. ``Primitive''で基本格子を, ``Bravais''でブラベー格子によって結晶を指定します.
- method
- PHASEの, 結晶性自動認識機能を利用する場合このリストから``automatic''を選択します. この場合, 格子の型がprimitive以外の場合, tspaceのlattice_system変数で格子の型の指定も行う必要があります.
- crystal structure
- 結晶構造の型を入力します. ``diamond'', ``hexagonal'', ``fcc'', ``bcc'', ``hcp'', ``simple_cubic''のいずれかを選択できます.
- inversion symmetry
- 反転対称性の有無を指定します. 選択肢は``on''か``off''です. 系に反転対称性がある場合, ``on''を指定すると計算コストを減らすことができます. この場合, 反転操作の対象となる原子の``weight''属性を``2''とする必要があります.
- tspace
- 対称性を明示的に指定します. 明示的な対称性の指定に関しては, PHASEユーザーマニュアルをご参照ください.
- ``lattice system''リスト:
- 結晶構造を指定します. ``trigonal'', ``hexagonal'', ``primitive'', ``facecentered'', ``bodycentered'', ``basecentered''のいずれかを選択できます.
- ``number of generators''リスト:
- 生成元の数を指定します. 1
3の整数値です.
- ``generators''テーブル:
- 生成元を指定します. PHASEユーザーマニュアルをご参照ください.
- check symmetry
- このボタンをクリックすると, 現在の入力の対称性や生成されると予想される
点の数などが表示されます. このボタンをクリックした後に得られる画面を図 5.23に示します.
図 5.23:
``check symmetry''ボタンをクリックすると得られる画面.
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``atomic configuration''の``constraints''タブをクリックすることによって, 拘束条件を指定する画面, 図 5.24を表示することができます.
拘束条件を指定するには, まず画面下部のリストから拘束条件の``種類''を指定し, ``add constraints''ボタンをクリックします. 拘束条件は, 相容れるならばいくつでも定義することが可能です.
その後, 必要に応じて``atomxx (xxは整数)''に関連する原子の番号を入力します.
指定はするものの実際には拘束しない場合は``mobile''を``on''とし, また拘束条件の``値''をログファイルに出力したい場合は``monitor''を``on''とします.
さらに, 拘束条件を逐次変化させ, 化学反応を強制的に引き起こすには``reaction coordinate''を``on''とし, さらに``initial value'', ``final value'', ``increment''に
それぞれ反応座標の初期値, 終了値, 刻み幅を入力します. この機能に関しては, PHASEのユーザーマニュアルも併せてご覧ください.
指定した拘束条件を削除する場合, ``remove selected constraints''ボタンをクリックしてください.
: ``post processing''ビュー
: 入力ファイル編集
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jkoga
平成22年4月27日