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はじめに
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PHASE-Viewer
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PHASE-Viewer
目次
はじめに
初回起動前の処理
Ghostscriptの入手
起動スクリプトの編集
計算用ファイルの入手とコピー
初回起動
メイン画面
概要
メニュー
``Project''メニュー
``Module''メニュー
``Process''メニュー
``Window''メニュー
``Preferences''メニュー
``Help''メニュー
グローバルホットキー
ディレクトリーブラウザー
概要
操作方法
サブプロジェクト制御用GUIの起動
システムのファイル管理プログラムを起動する
システムのターミナルを起動する
プロジェクト/サブプロジェクト管理
ネットワーク機能
概要
設定
SSHターミナル
SFTPクライアント
バッチファイル転送
サブプロジェクト制御用GUI
PHASE制御用GUI
初期化用GUI
PHASE入力ファイル作成ウィザード
情報表示GUI
入力ファイル編集
実効制御用GUI
計算結果解析
ekcal制御用GUI
初期化用GUI
情報表示GUI
入力ファイル編集
実効制御用GUI
結果解析
uvsor-epsilon制御用GUI
初期化用GUI
情報表示GUI
入力ファイル編集
実効制御用GUI
結果解析
ジョブ制御
概要
ジョブ監視
スクリプトの利用
BeanShellスクリプトの利用方法
BeanShellスクリプトの例
PHASEekcal計算を行うスクリプトのサンプル
セルを一様に拡大しながらSCF計算を行うスクリプトのサンプル
同梱BeanShellスクリプトの利用方法
scf-dos.bsh
scf-band.bsh
scf-epsilon.bsh
uniform_exp.bsh
phonon.bsh
cell_relax.bsh
BeanShellスクリプトより利用可能な関数
座標データのインポート/エクスポート
対応するファイル形式
基本的な操作方法
具体例
古典分子動力学シミュレーションとの連携
PHASEの計算結果からの入力
振動解析計算の結果の可視化
PHASE-Viewer形式の書き出し, 読み込み
結晶構造データベースとの連携
原子配置ビューアー
概要
起動方法
アイコンとメニュー
座標のインポート・エクスポート
マウス操作
基本操作
原子の選択
キーボードによる操作
ホットキー一覧
ホットキー設定
表示
表示のカスタマイズ
元素情報
矢印
カラーバー
光源
水素結合
軸のカスタマイズ
その他
編集
原子の属性変更
複数の原子の編集
マウスによる座標の編集
原子配置表示テーブル
アンドゥ・リドゥ
測定
単位胞
基本格子とブラベー格子の相互変換
単位胞の表示方法の変更
動画
電荷密度の可視化
等値面の描画方法
等高線の描画方法
逆空間ビューアー
概要
起動方法
点エディター
対称点の作成
点メッシュの作成
フェルミ面
エネルギーの等高線
表示設定
全体的な表示の設定
対称点/対称線の表示の設定
ホットキー
グラフツール
概要
グラフの作成
``quick plot''ボタンによるグラフ作成
データセット制御モジュール
複数軸を持つグラフの作成
複数グラフを並べて描画
データセットのインポート/エクスポート
グラフ表示画面
画像ファイルエクスポート
マウスによる操作
表示のカスタマイズ
画像ビューアー
画像ファイル一覧
画像ファイル閲覧
共通のGUIおよび操作
選択ダイアログ
ファイル選択ダイアログ
フォント選択ダイアログ
カラー選択ダイアログ
テーブルの仕様
コピー・ペースト
テーブル上のデータの編集
グラフ機能付きテーブル
画像ファイルエクスポート
複数データの選択
コンパイル
準備
コンパイル
外部ライブラリー/ソフトウェアのライセンス
外部ライブラリー・ソフトウェア
使用ライブラリーのライセンス
Java Runtime EnviromentとJava3Dのライセンス
GNU Lesser General Public ライセンス
JFontChooserのライセンス
SkinLFのライセンス
gnuplotのライセンス
Apacheライセンス
JSchのライセンス
jkoga 平成22年4月27日