: ``phonon''ビュー
: 計算結果解析
: ``image files''ビュー
目次
図 5.8で示しているように, タブを右クリックすることによって現れるメニューに
表示される``structural evolution''を選択すると構造緩和/分子動力学シミュレーションの過程を解析する画面, 図 5.45を得ることができます.
- エネルギー
- 上記の操作によって得られる図 5.45から全エネルギーや原子に働く力の最大値の変遷などを解析することができます.
図 5.34の``energy''タブをクリックすると, PHASEによって計算された全エネルギーを表示する画面, 図 5.45
が得られます. 全エネルギーのデータは, file_names.dataの中のF_ENF識別子によって指定されるファイルに書き込まれます.
図 5.45:
``energy''タブをクリックすると得られる画面.
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この画面上では, まず
に次の情報が表示されます.
- file name
- F_ENFファイルのファイル名.
- num. steps
- イオンの更新回数
- type
- 計算の種類; ``static calculation''(イオンの更新なし), ``geom. optimization''(構造緩和), ``molecular dynamics''(分子動力学)のいずれかです.
また, エディターで表示するため, ``editor''ボタンを配備しています.
次に,
にエネルギーのデータがテーブルで表示されます. この表示は, ``static calculation(一点計算)''ないし``geom. optimization(構造緩和)''の場合と``molecular dynamics(分子動力学)''の
場合とで表示される情報が若干異なります. 以下, それぞれの場合について各カラムの表す量を説明します.
- ``static calculation''ないし``geom. optimization''の場合:
- iter_ion
- イオンの更新回数.
- iter_total
- SCFの更新回数も含めた, 全更新回数.
- etotal
- 全エネルギー.
- forcmx
- 力の最大値.
- ``molecular dynamics''の場合:
- iter_ion
- イオンの更新回数.
- iter_total
- SCFの更新回数も含めた, 全更新回数.
- etotal
- 全エネルギー.
- ekina
- イオンの運動エネルギー
- econst
- 全エネルギー+イオンの全エネルギー; エネルギー一定の分子動力学の場合保存量.
- forcmx
- 力の最大値.
- 座標
- 図 5.45の``trajectory''タブを選択すると, 座標の変遷を解析するための画面, 図 5.46が得られます.
図 5.46:
``trajectory''タブをクリックすると得られる画面.
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図 5.46の各領域の説明をします.
- ファイル名, フレーム数が表示されます(それぞれ``file name''と``num.frames''と表示されています).
また, ``select frame''でビューアーで表示したいフレームを選択することができるようになっています. ``all''を選択すれば
全フレームを取り込んだ状態で, それ以外では対応するフレームの情報を取り込んだ状態で``viewer''ボタンをクリックすると
ビューアーを起動することができます. その後のビューアー操作の詳細は第8章を参照してください.
さらに, ``viewer''ボタンの隣にある``export''ボタンをクリックすると外部ファイルに現在の
F_DYNMファイルをエクスポートすることができます. エクスポートの詳細は, 第7章を参照してください.
``export''ボタンの隣にある``diff''ボタンをクリックすると, F_DYNMファイルの「差分」を解析する画面, 図 5.47の左側の画面を得ます. ここで「比較元」のファイル名と
フレーム数, 「比較先」のファイル名とフレーム数を入力し, ``ok''をクリックすると図 5.47の右側の画面を得ます.
フレームは, 負の値を指定すると最後のフレームを指定することと同じ効果を持つようになります. 起動時の状態では同じファイルの最初と最後のフレーム
を比較する状態になっていますが, 任意のファイル間・フレーム間の差分を解析することが可能になっています. 結果表示画面では
各原子の
座標,
座標,
座標の違いと動いた距離がÅ単位で表示されます.
図 5.47:
F_DYNMファイルの「差分」の解析.
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- セルベクトルの情報などが表示されます.
- テーブルに, 各ステップでの座標や働く力などが表示されます.
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jkoga
平成22年4月27日