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: PHASE-Viewer形式の書き出し, 読み込み : 具体例 : PHASEの計算結果からの入力   目次

振動解析計算の結果の可視化

PHASEには振動解析を行い, その固有モードを可視化しやすいファイル形式で出力する機能があります. ここではそのファイルを利用して実際に 振動解析の結果を可視化する手続きを説明します. 具体的には, PHASEチュートリアルマニュアルにて紹介されているSi$ _2$の振動解析の例を利用します.

PHASEにて実行された振動解析は, BioStationViewerによって可視化することのできる「拡張トラジェクトリー形式」です. この形式は, 基本的にはXYZ形式と同様です. PHASEチュートリアルに含まれているSi$ _2$の振動解析を行うことによって結果得られるtr2ファイルを 下記します.

まず, 1行目は対応するフレームの原子数です. ついで2行目はコメントですが, ここで記述されている形式でコメントを付加することにより BioStationViewerでラベルを付加したり, 時系列にそった簡単な二次元グラフを作成することが可能です. 三行目以降が各原子の情報です. 1列目が元素名, 2, 3, 4列目が座標, 5, 6, 7列目が振動モードの固有ベクトルに相当します. XYZ形式は標準ではセルベクトルの情報は指定できません. trj2形式ではファイル本体とは別に``grid.mol2''という名前のファイルを作成することによってセル情報を指定することができます. 本プログラムはこの仕様を利用し, ``grid.mol2''ファイルがトラジェクトリーファイルと同じディレクトリーに存在する場合は セルベクトルの取り込みも行います. くわしくはBioStationViewerのマニュアルをご覧ください.

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label = "step     1/   20" omega(Ha)= 2.355e-03 omega(eV)= 6.409e-02 nu(cm-1)=   516.892
  Si       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       2.69222099983488       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       0.00000000000000       2.69222099983488       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       2.69222099983488       2.69222099983488       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       0.00000000000000       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       2.69222099983488       2.69222099983488       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       5.38444199966976       2.69222099983488       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       0.00000000000000       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       2.69222099983488       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       5.38444199966976       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       5.38444199966976       5.38444199966976       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       4.03833149975232       1.34611049991744       1.34611049991744       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       1.34611049991744       4.03833149975232       1.34611049991744       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       1.34611049991744       1.34611049991744       4.03833149975232       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       4.03833149975232       4.03833149975232       4.03833149975232       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
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label = "step     2/   20" omega(Ha)= 2.355e-03 omega(eV)= 6.409e-02 nu(cm-1)=   516.892
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  Si       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.08176238133428       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       2.69222099983488      -0.08176238133428       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       5.38444199966976      -0.08176238133428       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       0.00000000000000       2.61045861850060       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       2.69222099983488       2.61045861850060       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
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  Si       0.00000000000000       5.38444199966976      -0.08176238133428       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       2.69222099983488       2.61045861850060       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       5.38444199966976       2.61045861850060       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       0.00000000000000       5.30267961833548       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       2.69222099983488       2.69222099983488       5.30267961833548       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       5.38444199966976       5.38444199966976       5.30267961833548       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       0.00000000000000       5.38444199966976       5.30267961833548       0.00000000000000       0.00000000000000      -0.26458862400000
  Si       4.03833149975232       1.34611049991744       1.42787288125172       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       1.34611049991744       4.03833149975232       1.42787288125172       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       1.34611049991744       1.34611049991744       4.12009388108660       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
  Si       4.03833149975232       4.03833149975232       4.12009388108660       0.00000000000000       0.00000000000000       0.26458862400000
   .              .                       .                      .                      .                      .                      .
   .              .                       .                      .                      .                      .                      .
   .              .                       .                      .                      .                      .                      .

以上より, PHASE-Viewerを利用してtrj2ファイルを取り込み, 原子配置および振動モードの固有ベクトルを可視化した様子を図 7.6 に図示します.

図 7.6: PHASEによって得られたSi$ _2$の振動解析結果を本プログラムに取り込み, 振動モードを可視化した図.
Image Si2_phonon_mode



jkoga 平成22年4月27日