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: 結晶構造データベースとの連携 : 具体例 : 振動解析計算の結果の可視化   目次

PHASE-Viewer形式の書き出し, 読み込み

PHASE-Viewerには, それ自体原子配置を記述するための独自のフォーマットを用意しています. XMLで記述されており, 汎用性, 拡張性が高いと 期待されます. 具体的なファイルの中身は, たとえば下記のようになります.
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<chase_atomic_coordinates creator="CHASE-3PT version 1.1.0" numframes="601">   <-- フレーム数など, 全体の情報
  <frame framenum="0" iscart="true" lengthunit="angstrom">   <--「とあるフレーム」に対応するエレメント
    <atomlist numatoms="96">                                 <--「原子」エレメントのはじまり
      <atom>                                                 <-- 個々の原子の属性を指定できるエレメント
        <element>Hf</element>                                <-- 元素名, 座標など; 必要に応じて属性は任意に増やせる
        <posx>0.00000000</posx>
        <posy>0.00000000</posy>
        <posz>0.00000000</posz>
      </atom>
      <atom>
        <element>Hf</element>
        <posx>2.75000000</posx>
        <posy>2.75000000</posy>
        <posz>0.00000000</posz>
      </atom>
      <atom>
        <element>Hf</element>
        <posx>0.00000000</posx>
        <posy>2.75000000</posy>
        <posz>2.75000000</posz>
      </atom>
      <atom>
        <element>Hf</element>
        <posx>2.75000000</posx>
        <posy>0.00000000</posy>
        <posz>2.75000000</posz>
      </atom>
          ........
          ........
          ........
          ........
    </atomlist>
    <cell>                                                   <--「セルベクトル情報」を記述できるエレメント
      <a_vec>11.00000000 0.00000000 0.00000000</a_vec>
      <b_vec>0.00000000 11.00000000 0.00000000</b_vec>
      <c_vec>0.00000000 0.00000000 11.00000000</c_vec>
    </cell>
  </frame>
  <frame framenum="1" iscart="true" lengthunit="angstrom">
    <atomlist numatoms="96">
      <atom>
        <element>Hf</element>
        <posx>0.018</posx>
        <posy>10.902</posy>
        <posz>10.954</posz>
      </atom>
          ........
          ........
          ........
          ........
</chase_atomic_coordinates>

現在のところこの形式の原子配置を取り込む/書き出すことのできるプログラムは本プログラムのみですが, XMLパーサーさえあればいかなる プログラムであってもPHASE-Viewer形式の原子配置を簡単に再利用できるモジュールを作成することができます.



jkoga 平成22年4月27日