next up previous contents
: 初回起動 : 初回起動前の処理 : 起動スクリプトの編集   目次

計算用ファイルの入手とコピー

PHASE-Viewerを利用して計算を行う場合, CISSフリーソフトウェアであるPHASE, ekcal, uvsor-epsilonや擬ポテンシャルファイルが必要になります.1.4http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/からダウンロードし, コンパイルしておくことをお勧めします. その後できればコマンドライン上で正しく動作することをご確認ください.

PHASE-Viewerを介して計算を行うには, 計算用のバイナリーなどを所定のパスにコピーしていただく必要があります. この処理は, 計算用のプログラムをローカルホストに置くのかリモートホストに置くのかで異なってきます.

計算用プログラムをリモートホストに配備する場合
この場合は, リモートホストにPHASE-Viewerが参照するディレクトリーを作成する必要があります. 目的のホストの任意の場所にディレクトリーを作成し(以後REMOTE_INST_DIRと表記), その下に``bin''という名前のディレクトリーを作成してください. REMOTE_INST_DIR/bin以下にphase, ekcal, epsmainなどのバイナリーファイルをコピーしてください. 他方PHASE TOOLSで提供されている各種Perlスクリプトは, ローカルホストのINST_DIR/bin以下にコピーしてください. BioStationViewerをお持ちの場合, BioStationViewer.jarというファイルをやはりローカルホストのINST_DIR/binの下に置いてください. また, 擬ポテンシャルファイルはローカルホストのINST_DIR/pp以下にコピーしてください. その後, 第4.2節にて説明している設定を目的のホストについて行ってください.
計算用プログラムをローカルホストに配備する場合
この場合は, ローカルホストに直接ファイルを置きます. phase, ekcal, epsmainなどのバイナリーファイルを, INST_DIR/bin以下にコピーしてください. BioStationViewerをお持ちの場合, BioStationViewer.jarというファイルをやはりINST_DIR/binの下に置いてください. また, PHASE TOOLSで提供される各種PerlスクリプトもINST_DIR/bin以下に置いてください. 最後に, 擬ポテンシャルファイルをINST_DIR/pp以下にコピーしてください.
計算用のホストは複数あっても構いません. また, ローカルホストとリモートホストが混在していても問題ありません.



jkoga 平成22年4月27日