: 基本的な操作方法
: 座標データのインポート/エクスポート
: 座標データのインポート/エクスポート
目次
現在, 下記のファイル形式に対応しています.
- CIF形式
- 結晶構造を指定するための, きわめて汎用的なファイル形式です(http://www.iucr.org/iucr-top/cif/). 考えられる
すべての結晶構造を記述できる反面, 利用するのは容易ではありません. PHASE-Viewerは, CIFパーサーである``ChasePmodel''
プログラムを利用してCIF形式で記述された結晶構造を取り込むことが可能です. ``ChasePmodel''はPHASE-Viewerに組み込まれているので, ユーザーが明示的に意識していただく必要はありません.
- XYZ形式
- 元素名とデカルト座標によって記述された原子配置情報です. 様々な「方言」がありますが, PHASE-Viewerでは
一般的なXYZ形式ファイルの取り込み/書き出しのほか, BioStationViewerで扱えるtrj2形式の取り込み,
xmakemol(http://www.nongnu.org/xmakemol/)プログラムによって可視化可能な形式の
XYZファイルの取り込み/書き出しが可能です. この操作は任意のフレーム, または全てのフレームに対して行うことができます.
- XBS形式
- XBSプログラム(http://www.ihp-ffo.de/~msm/)によって可視化可能なファイルです. ナノシミュレーションシステムの
一部である, FZMDDXコード(タイトバインディングMDおよび古典MD計算コード)の出力形式です.
XBS形式には通常シミュレーションセルの情報は書かれませんが, FZMDDXはダミーの原子とその間のボンドを定義することによって
セルの描画を実現します. PHASE-ViewerはFZMDDXのこの性質を利用し, XBSファイルより原子の元素名, 座標だけでなく
セルベクトルも取得することが可能です. この形式に対応しているので, FZMDDXによる
古典分子動力学計算より得られた原子配置を入力として第一原理計算を行う, といったことも容易に行うことが可能となります.
この操作は任意のフレーム, または全てのフレームに対して行うことができます.
- PHASE形式(入力)
- 汎用第一原理電子状態プログラムであるPHASEの入力データから, 原子配置の情報のみを抜き出して取り込むことができます.
- PHASE形式(出力)
- 汎用第一原理電子状態プログラムであるPHASEの出力データを取り込むことができます.
- cube形式
- Gaussian Cube形式を取り込むことができます. 第 8章にて説明する原子配置ビューアーから取り込んだ場合, 電荷密度の可視化などを行うことも可能です.
- PHASE-Viewer形式
- PHASE-Viewer自体が独自の原子配置記述形式を備えており, 当然PHASE-Viewerによって書き出し, また読み込むことが可能です.
XML(Extensible Markup Language, http://www.w3.org/TR/2004/REC-xml-20040204/)で記述されており,
拡張性, 汎用性に優れています. 任意のフレーム, または全てのフレームの取り込み, 書き出しが可能です.
jkoga
平成22年4月27日