ここでは古典分子動力学プログラムであるFZMDDXによって得られた出力座標からGUIにデータを取り込み,
それを結晶構造ビューアーで表示したり, PHASE用入力ファイルを作成する方法を詳しく説明します.
使用するデータは, FZMDDXによって作成されたアモルファスHfOのそれとします.
XBSファイルのファイル形式を説明します. XBS形式では, まず``.bs''拡張子のファイルに初期構造の情報を書き込みます. 具体例を下記します.
atom Hf 0.00000000 0.00000000 0.00000000 atom Hf 2.75000000 2.75000000 0.00000000 atom Hf 0.00000000 2.75000000 2.75000000 atom Hf 2.75000000 0.00000000 2.75000000 .... .... .... atom O 1.37500000 1.37500000 4.12500000 atom O 4.12500000 1.37500000 4.12500000 atom O 1.37500000 4.12500000 4.12500000 atom O 4.12500000 4.12500000 4.12500000 .... .... .... atom C01 0.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C01 11.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C02 0.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C02 0.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C03 0.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C03 0.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C12 11.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C12 11.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C21 0.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C21 11.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C13 11.00000000 0.00000000 0.00000000 atom C13 11.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C31 0.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C31 11.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C23 0.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C23 0.00000000 11.00000000 11.00000000 atom C32 0.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C32 0.00000000 11.00000000 11.00000000 atom C123 11.00000000 11.00000000 0.00000000 atom C123 11.00000000 11.00000000 11.00000000 atom C213 11.00000000 0.00000000 11.00000000 atom C213 11.00000000 11.00000000 11.00000000 atom C321 0.00000000 11.00000000 11.00000000 atom C321 11.00000000 11.00000000 11.00000000 .... .... ....まず, Hfの座標が記述され, さらにOの座標が記述されています. さらに, ''atom C01''行から``atom C321''行まで, セル描画に使う ダミー原子の情報が記述されています(これはFZMDDX独自の拡張です). この情報を利用して, 原子の座標そのものだけでなく, セルベクトルも取得することができます. その後はボンド描画に関わる記述などがありますが, PHASE-Viewerでは 直接は使われません. XBS形式ではこの入力を元に, さらに時系列にそった原子配置のデータを``.mv''拡張子のファイルに書き込みます. そのファイルの例を下記します.
frame t= 20.000 [fs] T= 3000.250 [K] V= 1327.125 [A^3] 0.018 10.902 10.954 2.751 2.811 0.057 10.980 2.723 2.801 2.804 0.061 2.644 0.039 0.014 5.476 2.741 2.778 5.570 10.897 2.790 8.315 2.673 0.161 8.232 10.981 5.418 10.885 2.801 8.061 10.873 .... .... .... frame t= 40.000 [fs] T= 2995.622 [K] V= 1314.926 [A^3] 0.013 10.789 10.904 2.714 2.874 0.145 10.950 2.670 2.864 2.804 0.141 2.559 0.101 0.071 5.444 2.727 2.758 5.587 10.777 2.836 8.337 2.586 0.304 8.198 10.952 5.326 10.730 2.823 7.918 10.774 .... .... ....``frame''から始まる行が, その時間ステップでの座標データの始まりを意味します. その後, ``.bs''ファイルに書かれているのと同じ順序で原子座標の 値が記述されています. 各座標がどの原子に対応するかは``.bs''ファイルで指定したものと全く同様である必要があります(言い換えると粒子数が変化する ようなデータを記述することはできません).
上記XBS形式のデータを取り込むには, ``.bs''ファイルの方を指定してください. そのさい, ``.mv''ファイルは, 存在するならば同じディレクトリーで, かつ拡張子以外は同一のファイル名である必要があります. ``atomic configuration''タブから一番最初のフレームと一番最後のフレームを取り込み, 結晶構造ビューアーで可視化した様子を図 7.3と図 7.4に図示します. 当然のことながら, ここで取り込んだ 座標をPHASE入力ファイル形式で保存することは容易にできます(''save''ボタンをクリックするのみ).