: 操作方法
: ディレクトリーブラウザー
: ディレクトリーブラウザー
目次
概要
図 3.1:
ディレクトリーブラウザーのスクリーンショット.
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数多くの計算を行っていると, 入力ファイルや出力ファイルなどの管理がだんだん難しくなってきます.
ここで説明する「ディレクトリーブラウザー」を利用することによって, これまで行ってきた計算の管理や参照がしやすくなります.
ディレクトリーブラウザーのスクリーンショットを図 3.1に図示します.
ディレクトリーブラウザーは図 2.1に示すようにメイン画面には常に存在しますが, さらにファイル選択ダイアログなど
様々なところで利用されており(付録A.1.1節参照), 計算ディレクトリーの参照が容易となるよう配慮されています.
PHASE-Viewerは, 計算用のディレクトリーを便宜上下記のように分類しています.
- プロジェクト
- いくつかの計算を一まとめで管理するための単位; このディレクトリーの下に直接計算用のファイルが
置かれることはない.
- サブプロジェクト
- 実際の計算用ファイルが置かれたり, あるいは実際に計算が実行されるディレクトリー.
「プロジェクト」は, 図 3.2(a)で示すアイコンによって表示されます.
プロジェクトの下にはプロジェクトもサブプロジェクトも作成することが可能ですが, 「ルートプロジェクト」の下にはプロジェクトのみ作成可能です.
サブプロジェクトの下にはサブプロジェクトを作成することはできますが, プロジェクトを作成することはできません.
ただし,「data」プロジェクト, 「擬ポテンシャルサブプロジェクト」の下には何も作成することができません.
図 3.2:
ディレクトリーブラウザーで利用されるアイコン
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「サブプロジェクト」を表すノードのアイコンは, そのサブプロジェクトが対象としている計算の種類によって変わります.
サブプロジェクトを表すアイコンは, 現在のところ下記の通りです.
- 擬ポテンシャル, 図 3.2(b)
- 擬ポテンシャルディレクトリーが格納されているディレクトリーの内容を閲覧することができます. ``data''プロジェクトの下にある``pseudopotential''サブプロジェクトのノードをダブルクリックすると図 3.3を得ます.
図 3.3:
登録されている擬ポテンシャルの性質を閲覧する画面.
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この画面は, まず``pp filename''領域に登録されている擬ポテンシャルのリストが表示されます. また, このリストから任意の擬ポテンシャルを選択すると下記の情報が``properties''領域に表示されます.
- element
- 元素名を表示します.
- atomic number
- 原子数を表示します.
- number of valence electrons
- 価電子数を表示します. 価電子数は, 元素によっては通常内殻電子とみなされる電子が含まれる場合があるのでご注意ください.
- ppc
- コア補正が入っているか否かを``on''か``off''で表示します.
- xctype
- 交換相関エネルギーの計算方法が表示されます. GGAの場合はggapbe, LDAの場合はldapw91と表示されます.
- type
- ノルム保存型の擬ポテンシャルかウルトラソフト型の擬ポテンシャルかが表示されます. ``nc''の場合ノルム保存型, ``us''の場合ウルトラソフト型になります.
擬ポテンシャルファイルは, ユーザーごとに個別に管理されます. 新たに登録するには, 第1.2節で設定した``base directory''にあるdataディレクトリーの下のpseudopotentialディレクトリーにコピーしてください.
- PHASE, 図 3.2(c)
- PHASEによる計算を制御するサブプロジェクトを表します.
- ekcal, 図 3.2(d)
- ekcalによる計算を制御するサブプロジェクトを表します.
- uvsor-epsilon, 図 3.2(e)
- uvsor-epsilonによる計算を制御するサブプロジェクトを表します.
jkoga
平成22年4月27日